Exploitées en sous sols dès le 12° siècle (voir avant) sans réelle organisation, cohésion ou encore suivi historique.
Chacun exploitant la pierre dans son coin puis rebouchant derrière lui une fois le filon épuisé, Le réseau s'agrandit au fur et a mesure de la construction de la ville, des besoins en pierres et donc de l'avancée des carriers.

Creusant parfois sur plusieurs niveaux ils relièrent des galeries vieilles de plusieurs siècles et en isolèrent d'autres qui parfois se retrouvèrent complètement oublié de tous au bout de quelques générations.
Ce qui donna l'opportunité a une vie parallèle de se mettre en place.

Les marginaux y trouvant refuge, les brigands une cachette ou bien encore les contrebandiers un moyen de contourner les barrières de l'octroi entourant Paris et d'éviter ainsi de payer la taxe pour leurs marchandises.
Pour cela certains creusèrent aussi a leurs tours leurs propres galeries et autres raccordements.

Paris devint un vrai gruyère, mystérieux et secret, alimentant bon nombres de légendes, mais aussi fragilisant le sous sol jusqu’à mettre en péril la sécurité des rues et des maisons en surface.
C'est pourquoi suite a de nombreux accidents le roi ordonna en 1777 de stopper l'exploitation de calcaire sous la ville et la création de l'Inspection Générale des Carrières (L'IGC) avec Charles-Axel Guillaumot a sa tête.

Sa mission, explorer le sous sol, le cartographier, creuser des galeries de recherche en quête de vides inconnus et consolider les galeries et les voutes, combler les zones dangereuses, sculpter des plaques de rues et autres indications, construire des cabinets minéralogiques, assurer le bon maintient de l'air ou des nappes phréatiques, etc ...

Un travail titanesque qui durera jusqu'au début du XX° siècle sous la tutelle de différents ingénieurs et suivant différents styles et techniques architecturales (parfois remarquables comme avec le fameux Héricart de Thury).

Le réseau servit ensuite a bien des usages, a commencer par ce qui lui donne son surnom de catacombes, vers 1780 certains cimetières parisiens et leurs environs devinrent insalubres et dangereux a cause du nombre incroyables de dépouilles entassées.
La décision fut prise d'en vider plusieurs et de stocker les corps en vrac dans des puits et des galeries vides des carrières, 6 millions de personnes furent scellées dans différents ossuaires souterrains.

D'autres galeries furent recyclés en champignonnières parfois par les carriers eux mêmes sur leurs temps de pauses, des vides plus grands se virent transformés en caves par des brasseurs (comme dans la quartier Sarrette avec la Bière Gallia ou sous la rue Dareau avec la brasserie Dumesnil).
Parfois les galeries déjà creusées facilitèrent la tache du passage des câbles PTT, aux aqueducs, etc ...

En période de guerre plusieurs zones sont aussi aménagées en abri de défense sous plusieurs hôpitaux et autres bâtiments publics et y accueillirent des civils ou le personnel.
Ou bien encore le gouvernement Laval sous la Rue des Feuillantines, les résistants FFI sous Denfert Rochereau tandis que le Bunker allemand de la Luftwaffe était non loin sous le lycée Montaigne.

De nos jours l'IGC et la mairie de Paris de leurs cotés semblent avoir cédé aux promoteurs immobilier et autres entreprises de BTP, et n’hésitent pas remplir de béton des pans entiers du patrimoine parisien plutôt que de consolider comme ils le faisaient depuis des siècles.

Faire table rase et tourner la tête plutôt qu'entretenir semble être plus d'actualité.

Pour ce qui est des visiteurs clandestins : malgré le peu d'accès et leurs fermetures répétés et systématiques les catacombes sont le terrain de jeu des cataphiles, une aire de détente et de création pour beaucoup.
Vous pouvez trouvez ici l'excellent résumé sur l'histoire de la cataphilie par Cochise :

                                   " LES CATAPHILES EN UN DEMI-SIECLE "